בסמוך לשעה 10:45, עוכב לבדיקה אוטובוס נוסעים שהגיע למחסום המנהרות מכיוון יו״ש לירושלים. נוסעי האוטובוס הורדו לבדיקה לשלילת חשד להימצאות שוהים בלתי חוקיים וחשודים בתוכו.
בשלב מסוים, אחד מהחשודים שעוכב לבדיקה התנפל לעבר לוחמת מג״ב עם מברג ודקר אותה כשהיא נאבקת בו.
כוח צה״ל מהמשטרה הצבאית ולוחמי מג״ב עוטף ירושלים נטרלו מיד את המחבל בירי, ובהמשך נקבע מותו.
בנוסף למברג שעמו ביצע המחבל את הפיגוע, בחיפוש שערכו השוטרים על גופו נתפסה סכין וממצאים נוספים.
לוחמת מג״ב שנפצעה בפיגוע הדקירה באורח קל פונתה לפני זמן קצר לקבלת טיפול רפואי.
בעקבות הפיגוע, כוחות משטרה גדולים של מחוז ירושלים ומחוז ש״י במשטרה, מג״ב עוטף ירושלים וצה״ל הוזעקו למקום לשלילת סייענים וביצוע פעולות נוספות בזירת הפיגוע ע״י שוטרי הזיהוי הפלילי, חבלנים וכיו״ב.
בשעה זו סממ״ז ירושלים תנ״צ אמיר ארזני יחד עם מפקד מג״ב עוטף ירושלים תנ״צ עמי נידם ומפקד מרחב ציון תנ״צ רונן עובדיה, מקיימים הערכת מצב בזירת הפיגוע ושיבחו את תפקודם של כוחות הביטחון שפעלו במעבר וניטרלו את המחבל בתוך שניות.
כמו כן המעבר נסגר לתנועה לשני הכיוונים עד להשלמת הפעולות הנדרשות בזירה.